اولين علامت بارگاه امام حسين(ع) از سوي قبيله بني اسد كه در نزديكي كربلا سكني گزيده بودند بنا نهاده شد. آنها مراسمي خاص براي به خاك سپردن سيد الشهدا(ع) برگزار كردند و علامتي بر قبر شريف وي گذاشتند كه سايباني كوچك بر قبر حضرتش بود. با بر سر كار آمدن مختار بن ابي عبيده ثقفي كه حكومتش را به نام خونخواهي از قاتلان حسين(ع) در كوفه برقرار كرده بود، اين بارگاه پيش از پيش مورد توجه قرار گرفت.
از آن به بعد شيعيان رهسپار زيارت قبر شريف امام حسين(ع) و اهل بيت و صحابه آن حضرت شدند و اين قبر به قبله‌گاهي براي شيعيان بخصوص در كوفه، مدائن و شهر بصره تبديل شد و مختار در آن زمان بنايي در اطراف قبر شريف امام حسين(ع) ساخت و روستايي در آن منطقه تشكيل شد.
حرم حسيني در طول تاريخ از يكسو هميشه مورد دشمني خلفا و كژدينان و از طرف ديگر مورد علاقه مردم بوده است و در آغاز حكومت عباسي‌ها، زمينه براي زيارت قبر شريف امام حسين(ع) از سوي مسلمانان فراهم شد و اين روال ادامه داشت تا زمان هارون‌الرشيد، پنجمين خليفه عباسي كه در سال 193 هجري قبر شريف امام حسين(ع) و تمامي خانه‌هاي اطراف آن را ويران كرد.
پس از هارون‌الرشيد، بنايي ديگر بر آرامگاه امام سوم شيعيان ساخته شد كه تا سال 233 هجري قمري يعني به خلافت رسيدن متوكل عباسي بر جاي ماند، اما متوكل عباسي پاي خود را در همان مسيري گذاشت كه هارون‌الرشيد گذاشته بود و سياست حكومت خود را، سياست دشمني با اهل بيت قرار داد. متوكل عباسي كه عشق و محبت به حسين(ع) را ريشه در حب اهل بيت مي‌دانست و طاقت ديدن افزايش زائران گسترده بارگاه امام حسين(ع) را نداشت، دستور منهدم ساختن قبر شريف امام حسين(ع) و تمامي خانه‌هاي اطراف آن را صادر كرد و زيارت امام حسين(ع) را ممنوع كرد.
متوكل عباسي تمام آن منطقه را زير و رو كرد و سپس سراسر آن منطقه را پر از آب كرد. در تاريخ اين واقعيت ثبت شده است كه شخصي به نام «ديزج» كه يهودي‌الاصل بود، مامور متوكل عباسي براي كشتن زائران امام حسين(ع) شده بود. اين شخص ماموريت آن را داشت كه هر زائري را كه براي زيارت قبر امام حسين(ع) به آن مناطق پا مي‌گذاشت، از دم تيغ بگذراند. بعد از آن كه متوكل عباسي در سال 247 هجري به هلاكت رسيد، بار ديگر بناي بسيار بزرگي بر مزار امام حسين(ع) ساخته شد به گونه‌اي كه اين بنا آنقدر ارتفاع داشت كه مردم از دور دست آن را تشخيص مي‌دادند و براي زيارت به سوي آن رهسپار مي‌شدند. از آن به بعد بسياري از علويان توانستند خانه‌هاي خود را در نزديكي قبر شريف امام حسين(ع) در كربلا بنا نهند كه در راس آنان «ابراهيم المجاب بن محمد العابد بن الامام موسي بن جعفر(ع)» قرار داشت و او اولين علوي بود كه در سرزمين كربلا سكني گزيد و اين حادثه در سال 247 هجري اتفاق افتاد.
عشق ايرانيان
پس از تاسيس دولت آل بويه، عضدالدوله در سال 379 هجري قمري، ضريحي از عاج براي قبر شريف امام حسين(ع) ساخت و با بنا نهاده شدن بارگاهي جديد براي سيدالشهدا، بازارها و خانه‌هاي بيشتري در اطراف آن ساخته و شهر كربلا با ديوارهايي بزرگ احاطه شد. اين شهر در زمان عضدالدوله بسيار پر رونق و از لحاظ ديني، اجتماعي، سياسي، اقتصادي و ادبي به شهري بسيار مشهور تبديل شد.
بعد از انقراض حكومت آل بويه، سلجوقيان بر سر كار آمدند كه سياست سلجوقيان نيز بر اهميت گذاشتن نسبت به عتبات مقدسه قرار گرفت. در آن زمان سلطان ملك شاه سلجوقي و وزير آن نظام‌الملك در سال 553 هجري قمري ديوارهاي بنا نهاده شده و ساختمان‌هاي حرم شريف امام حسين(ع) را بازسازي كردند و خليفه «مفتفي» خود شخصا به زيارت قبر امام حسين(ع) رهسپار شد و پس از آن ديگر خلفا نيز از اين سياست تبعيت كردند و به زيارت حرم حسيني رهسپار مي‌شدند، به طوري كه خليفه ناصرالدين‌الله و المستعصم و المستنصر نيز قبر شريف امام حسين(ع) را زيارت كردند.
زماني كه شاه اسماعيل صفوي درسال 914 هجري بغداد را فتح كرد، خود شخصا براي زيارت قبر شريف امام حسين(ع) راهي كربلا شد و دستور داد كه ضريحي از طلا براي قبر شريف امام حسين(ع) ساخته شود. او همچنين 12 چلچراغ طلا به قبر شريف امام حسين(ع) هديه و دستور ساخت صندوقي از نقره خالص را براي بارگاه صادر كرد. وي همچنين بارگاه امام حسين(ع) را با فرش‌هاي بسيار گرانقيمت آراست. شاه اسماعيل صفوي به مدت يك شب در حرم امام حسين(ع) اعتكاف كرد و پس از آن راهي زيارت قبر امام علي(ع) در نجف اشرف شد. در عهد قاجار، 3 بار گنبد امام حسين(ع) طلاكاري شد و آغامحمدخان، موسس قاجاريه در ايران خود شخصا در سال 1207 هجري گنبد امام حسين(ع) را طلاكاري كرد. فتحعلي شاه قاجار نيز به دليل آن كه طلاي گنبد امام حسين(ع) سياه شده بود، براي دومين بار مجددا به طلاكاري اين گنبد اقدام كرد. در سال 1216 هجري كربلا و حرم امام حسين(ع) مورد هجوم وحشيانه گروهي از وهابيون به رهبري سعود ابن عبدالعزيز قرار گرفت. وي در روز عيد غدير اين شهر را به محاصره درآورد و اكثر اهالي آن را چه آناني كه در بازار بودند و چه آناني را كه به خانه‌هاي خود پناه بردند، از دم تيغ گذراند.
سعود ابن عبدالعزيز در آن زمان با بيش از 12 هزار سرباز وارد شهر كربلا شد و پس از كشتن بسياري از ساكنان اين شهر، صندوق‌هاي قبر شريف امام حسين(ع) را كه انبوهي از طلا و پول و اشياي گرانبهاي هديه شده بود، به تاراج برد.
نقشه ساختمان حرم امام حسين(ع)
محل دفن حضرت امام حسين(ع) يا همان گودال قتلگاه، اكنون داراي سقفي است كه روي آن صندوقي نهاده شده است. ضريح متبرك اين بارگاه در ميان روضه منوره قرار گرفته كه همان نيز در بين مسجد (مسجد بالا سر و مسجد پشت سر) و در طرف پايين پا در زاويه روضه قبور شهداست. اين مجموعه هم‌اكنون حرم امام حسين(ع) را تشكيل ميدهد و حرم نيز ميان رواق و رواق در وسط صحن است. ضريح مقدس در وسط واقع است و از نقره خالص ساخته شده كه در پيش روي آن با طلا و به خط نسخ نوشته شده: «ولا تحسبن الذين قتلوا في سبيل الله امواتا بل احياء عند ربهم يرزقون» و در بالاي سر، «آيه نور» نوشته شده است. صحن مطهر حسين(ع) داراي هفت باب است كه عبارتند از: باب قبله كه ساعتي بر فراز آن نصب است، باب قاضي‌الحاجات، باب زينبيه كه در حدود تل زينبيه قرار دارد، باب سلطاني، باب بازار بزازها، باب سدره كه در شمال صحن بوده و به بازار و اطراف راه دارد و باب صافي كه به در بين‌الحرمين نيز معروف است.
حضرت امام جعفر صادق عليه‌السلام فرمود: «نماز در چهار مكان كامل خوانده مي‌شود: مسجد‌الحرام (مكه)، مسجدالرسول(مدينه)، مسجد كوفه، و حرم امام حسين عليه‌السلام.»
ضريح شش گوشه
در ميان اقوال مورخان درباره چگونگي دفن حضرت سيدالشهداء و ياران باوفاي آن حضرت اندك تفاوتي، ديده مي‌شود.
شيخ مفيد پس از ذكر اسامي 17 نفر از شهيدان بني‌هاشم كه همگي از برادران و برادرزادگان و عموزادگان امام حسين(ع) بودند، مي‌فرمايد: آنان پايين پاي آن حضرت در يك قبر (گودي بزرگ) دفن شدند كه هيچ اثري از آن نيست و فقط زائران با اشاره به زمين در طرف پاي امام(ع) آنان را زيارت مي‌كنند و علي بن الحسين(ع) (علي‌اكبر) از جمله آنان است، برخي گفته‌اند: محل دفن علي‌اكبر نسبت به قبر امام حسين(ع) نزديك‌ترين محل است.
شيخ همچنين مي‌گويد: پس از بازگشت عمر بن سعد از كربلا، جماعتي از بني‌اسد كه در غاضريه سكونت داشتند، آمده و بر پيكر امام حسين(ع) و يارانش نماز گذاردند و آن حضرت را همان جايي كه الان قبر اوست، دفن كردند و علي ابن الحسين (علي‌اكبر ع) را در پايين پاي پدر به خاك سپردند، سپس براي ديگر شهيدان از اهل بيت و اصحاب، حفيره‌اي كندند و همه آنان را در آن به صورت دسته جمعي دفن كردند و عباس بن علي(ع) را در راه غاضريه، در همان محلي كه به شهادت رسيد و اكنون قبر اوست به خاك سپردند.