پيشينهٔ تاريخي بقيع به دوران قبل از اسلام مي‌رسد ولي در كتب تاريخي به روشني قدمت تاريخي آن مشخص نشده‌است. بعد از هجرت مسلمانان به مدينه، بقيع تنها قبرستان مسلمانان بوده، مردم مدينه قبل از آمدن مسلمانان به آنجا اجساد مردگان خود را در دو گورستان «بني‌حرام» و «بني‌سالم» و گاهي نيز در خانه‌هاي‌شان دفن مي‌كردند و در واقع بقيع اولين قبرستاني است كه به دستور پيامبر اسلام و توسط مسلمانان صدر اسلام ساخته شد.
اولين كسي كه در آنجا به توصيه پيامبر دفن شد عثمان بن مضعون بود كه از دوستان نزديك پيامبر و علي بن ابيطالب به شمار مي‌رفت؛ علي در سخنانش از عثمان بسيار ياد مي‌كرد.
محمد برخي از كشته‌شدگان جنگ احد را و يكي از فرزندانش بنام ابراهيم، را در آنجا به خاك سپرد. بعدها كه عثمان پسر عفان در قبرستان يهودي‌هاي مدينه به نام حس كوكب دفن شد، معاويه بقيع را به قدري وسعت داد كه قبر عثمان در بقيع قرار گرفت.
بقيع هم‌اينك مدفن ۴ امام شيعه(حسن مجتبي، سجاد، محمد باقرو جعفر صادق) است. همچنين قبر بيشتر زنان پيامبر و نيز عباس عموي پيامبر و فاطمه بنت اسد، مادر علي بن ابي طالب، ام البنين (مادر ابوالفضل العباس) و برخي ديگر از بزرگان اسلام در اين گورستان قرار دارد. قبرستان بقيع در چند قدمي مسجد النبي قرار دارد.