آرامگاه فاطمه معصومه در میان بقعه با بلندی ۲۰/۱ و طول و عرض ۹۵/۲ در ۲۰/۱ متر قرار گرفته و با کاشیهای نفیس و زرفام (آغاز قرن هفتم پوشیده شدهاست. گرداگرد مرقد منور، دیواری به بلندی دو متر و طول و عرض تقریبی (۸۰/۴، در , ۴۰/۴) قرار دارد که در سال ۹۵۰ بنا گردید و با کاشی معرق آراسته شد. که اکنون این دیوار با ضریح مشبک از جنس نقره پوشیده شدهاست.
سیر تاریخی مرقد فاطمه معصومه در طول دورههای مختلف دستخوش تغییراتی بوده است.
در سال ۶۰۵ هجری «امیر مظفر احمد بن اسماعیل» بزرگ خاندان آل مظفر، بزرگترین استاد کاشیساز آن زمان «محمد بن ابی طاهر کاشی قمی» را بهکار ساخت و پرداخت کاشیهای متنوع مرقد واداشت. او به مدت هشت سال به این کار مشغول بود تا سرانجام در سال ۶۱۳ کاشیهای مرقد آماده و کار گذاشته شد.
به نوشته شاردن، سیاح فرانسوی عصر صفوی، در کتیبه سردر بنا کلمه «مشتاق درک» جهت ثبت سال بنا درج شده بود که به حساب ابجد ۱۰۶۵ (زمان سلطنت شاه عباس دوم) میشود.
اخیراً در سال ۱۳۷۷ شمسی مرقد مطهر به شکل جدید که آمیختهای از کاشی و سنگ است تجدید بنا شد و همچنین دیوارههای داخلی با سنگ مرمر سبز آراسته گردید.